Comment gérer ses données ?

big-data_redimLorsque l’on commence un doctorat et plus particulièrement un travail de recherche, on se retrouve rapidement envahit de toutes sortes de données : résultats des différentes manipulations entreprises, diaporamas de présentation, figures plus ou moins abouties, rapports de toutes sortes, polycopiés de cours, mode d’emploi, protocoles, etc.

En un temps record, notre dossier « doctorat » mais également notre très cher cahier de laboratoire peut devenir un véritable « fourre-tout », et bien souvent on ne s’en rend compte que lorsque son supérieur ou un collègue vient nous demander en urgence un fichier bien particulier ou un détail de manipulation archivé il y a plus de 6 mois. Ce problème de désorganisation peut s’avérer être fatal au moment où il s’agit d’entamer la phase de rédaction de la thèse.

Du désordre à l’organisation

Avant de commencer la lecture de cet article, je vous conseil de (re)lire le premier article de ce blog qui traite de la gestion du temps. En effet, optimiser sa façon de travailler nécessite certes un temps de réflexion et d’adaptation mais le retour sur investissement se fait très rapidement sentir. Faites-moi confiance !

I – L’utilité d’un journal de bord numérique.

Tout doctorant s’engage, en apposant sa signature sur la charte de thèse de son établissement d’accueil, à consigner par écrit l’ensemble de ses expériences et toutes les informations sur ses manipulations dans un cahier de laboratoire. Bien qu’obligatoire, le « cahier de manip’ » souffre d’un manque qui se fait rapidement ressentir : il est très difficile, voir impossible, de rechercher et parfois même de retrouver rapidement une information qui date un peu (même lorsque le doctorant a eu la bonne idée d’y ajouter un sommaire) ou inscrite il y a un certain laps de temps (mois, année).

Pour pallier à ce manque, la solution est de créer un « journal de bord numérique ». Ce journal consiste en un simple fichier Word revu quotidiennement. Ce fichier contient pour chaque jour une description (même succincte) datée de vos manipulations, rédigée à l’aide de mots clefs (nom de l’appareil utilisé, nom du matériel biologique utilisé,…) et la date. Cela ne doit pas vous prendre plus de 5 min en fin de journée. Ainsi, pour connaître la date de telle ou telle expérience et d’en avoir une description succincte, lorsque vous devrez retrouver un protocole ou un résultat, il vous suffira de lancer une recherche par mot clef dans ce fichier, via le logiciel de traitement de texte, afin de connaître la date de l’expérience et en avoir une description succincte. Dans le cas où vous auriez besoin de plus d’informations (détail du protocole utilisé, description d’un résultat, etc), il vous sera plus aisé, par la connaissance de la date, de les localiser dans votre cahier de laboratoire.

II – Architecture des dossiers

C’est bien souvent la redondance d’un même fichier qui entraîne une perte d’organisation. Il arrive que l’on ait rangé dans un même dossier : les résultats bruts, les résultats annotés, les figures réalisées à partir de ces résultats en version française et en version anglaise, les différentes sauvegardes intermédiaires du fichier final,… Tout ces fichiers sont importants et doivent être conservés. Seulement, il s’agit d’adopter un système d’archive à la fois simple et efficace qui permettra de retrouver rapidement chaque fichier.

Il arrive bien souvent qu’une manipulation vous donne un résultat qui est nécessaire à la réalisation d’une manipulation secondaire, ces deux manipulations ne formant qu’un seul et même projet. Quelle est alors la manière la plus optimale de ranger l’ensemble de ces résultats en minimisant au maximum la redondance de ces fichiers ?

Une solution est de créer dans un premier temps un dossier intitulé « Manipulation – quotidien ». Au sein de ce dossier prend place : votre journal de bord numérique ainsi que plusieurs sous-dossiers qui auront tous pour titre : la date + un ou deux mots clefs décrivant la ou les expérience(s) du jour. Les systèmes d’exploitation affichant les fichiers par nom, concernant la date, préférez la notation AAMMJJ (Année-mois-jour. Exemple : 140131 = 31 janvier 2014) afin de visualiser vos dossiers par ordre chronologique (contrairement à une notation du type jour-mois-année), vous offrant ainsi un gain de temps non négligeable en cas de recherche de vos derniers résultats.

Ces sous-dossiers ne devront contenir que les résultats bruts de votre journée de manipulation. À noter qu’il est fortement conseiller de conserver également ces données bruts (Exemple : résultats d’une qPCR, d’un dosage, …) sur les appareils qui vous ont permis de les obtenir lorsque cela est possible. Dans un deuxième temps, il s’agit de créer un dossier intitulé « Résultats », au même niveau que votre dossier « Manipulation – quotidien ». Ce dossier contient un sous-dossier pour chacun de vos projets. Chaque sous-dossier, intitulé par un court descriptif de votre projet, contiendra l’ensemble des résultats annotés relatifs à votre projet mais également tous les documents qui vous auront été nécessaires pour le mener à bien. Avec ce système d’architecture de dossiers, il sera créé, certes, une certaine redondance entre les résultats de vos manipulations mais il s’agit bien là, d’une redondance « organisée ».

Conclusions

À l’aide de ces quelques conseils, il vous est désormais possible :

  • d’archiver de manière organisée des résultats bruts (utile en cas d’erreur lors de leur mise en forme),
  • de retrouver très rapidement des infos concernant une ancienne manipulation et les résultats associés,
  • de voir d’un coup d’œil l’état d’avancement de vos différents projets,
  • de pouvoir réaliser en un temps record une présentation de l’avancement de votre doctorat en mettant bout à bout les résultats de vos différents projets.

En espérant que cet article vous a plus, je vous souhaite la meilleure gestion de données qui soit.

Yoann Abel – doctorant 2ème année

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